C'est peut être pas ça mais moi j'avais à peu près le même soucis.
Une fois el capitan téléchargé dans l'app store rien ne se passait et le bouton d'installation restait grisé.
En fait un installateur avait été téléchargé dans mon dossier applications et appuyer directement dessus m'a permis d'installer el capitan.
En espérant que ça puisse t'aider.