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Sethenès

Coronavirus ... des graphiques

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Je suis la situation très régulièrement et j'ai fait mes propres Excel.

En bleu, la province du Hubei, en orange toutes les autres provinces réunies et en vert tout ce qui se passe hors de Chine (note : Macau, Taiwan et Hing Kong sont comptées comme "chinoises").

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Ce qu'on peut observer, c'est que le nombre de patients guéris (graphe du milieu) dans toutes les autres provinces (2800) est proche de celui de la seule province de Hubei (3400) pour un total de 6208 guéris en Chine.

A droite, on peut voir que le nombre de décès en dehors du Hubei est à ce jour très très faible alors qu'il semble que (graphe de gauche) la contamination n'explose pas dans ces provinces.

Evidemment, il faut relativiser les chiffres chinois mais si on compare ce qui se passe hors de Chine avec ce qui se passe en chine hors de Hubei, on a quand même des comportements similaires.

Hors de Chine : 448 cas confirmés, 68 guérisons (15%), 2 décès (0,5%)
En Chine hors de Hubei : 11700 cas confirmés, 2800 guéris (24%), 58 décès (0,5%).

Donc, certes, on ne peut pas arguer du taux de létalité final mais tout laisse à penser que tant que le système sanitaire tient, la situation reste sous contrôle.

 

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il y a 19 minutes, pehache a dit :

Je ne dis pas qu'il ne faut pas être prudent, ni que je détiens la vérité. Je dis simplement que ces graphiques rendent certains scénarios moins probables que d'autres.

Après, je peux comprendre qu'on choisisse de ne pas extrapoler "parce que cela n'a pas de sens". Moi je choisis de quand même le faire. Libre à chacun de faire ses propres interprétations ou pas.

Et depuis que je suis les chiffres (soit à peu près 20 jours), l'évolution va exactement dans la direction que j'ai pressenti mi-janvier déjà. Il y a 10 jours sur d'autres forums certains tenaient le même discours que toi, discours que je ne conteste pas sur le fond. Toujours est-il que 10 jours plus tard ma première impression (basée sur les chiffres) est toujours la bonne : tant que le système sanitaire tient, la situation n'est pas catastrophique (ce que les chiffres semblent confirmer).

J'ajoute que je regarde systématiquement les débats de C dans l'air à ce propos. Bien sûr, on peut rire de la qualité de la source mais ... voici la liste des intervenants ... ce ne sont quand même pas des seconds couteaux :

  • Emission des 3 dernières semaines :
    Coronavirus : pourquoi l'OMS s'inquiète 10.02.20 avec (entre autre) Daniel Levy-Bruhl, épidémiologiste – Santé publique France
    Virus : la Chine dit-elle toute la vérité ? 07.02.20 (économistes uniquement)
    Le monde se barricade, le virus se propage 03.02.2019 avec Astrid Vabret, cheffe de service de virologie au CHU de Caen et Vincent Enouf, virologue à l’Institut Pasteur
    Coronavirus, grippe : la France en alerte 01.02.2020 (pas de liste)
    Chine : l'empire vacille 29.01.2020 avec Marie-Paule Kieny, directrice de recherches à l’INSERM et ancienne sous-directrice générale de l’OMS
    Virus : "Situation grave" en Chine, premiers cas en France 25.01.2020 avec Arnaud FONTANET, directeur de l’Unité d’épidémiologie des maladies émergentes à l’Institut Pasteur et Anne GOFFARD, chercheuse et médecin, CHU de Lille.
    le virus qui inquiète le monde 22.01.2020 avec :
    • Anne Goffard, chercheuse et médecin, CHU de Lille.
    • Daniel Lévy-Brühl, épidémiologiste à Santé Publique France.
    • Sophie Matheron, médecin-clinicienne, spécialiste des maladies infectieuses à l’Hôpital Bichat à Paris.
Edited by Sethenès

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Selon tes propres chiffres, la mortalité dans la province d'origine est de l'ordre de 10%. Elle ne peut que grimper, et il n'y a aucune "chance" que la mortalité dans le reste de la Chine et dans le monde ne dépasse pas largement les 0.5% que tu calcules actuellement. On est en dessous du taux de mortalité du SRAS, mais le virus est plus contagieux. Sans dire qu'il faille paniquer, on ne peut que se dire que les mesures de quarantaine, d'isolement, et de restriction des déplacements, sont amplement justifiées.

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il y a 7 minutes, pehache a dit :

 Sans dire qu'il faille paniquer, on ne peut que se dire que les mesures de quarantaine, d'isolement, et de restriction des déplacements, sont amplement justifiées.

Mais où ai-je laissé entendre le contraire ? Tu lis dans mes propos des choses que je ne dis pas.

Ecrire que "tant que le système sanitaire tient, la situation reste sous contrôle" n'est pas un appel à relâcher la vigilance ... au contraire même ... si on y réfléchi bien.

 

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Ben en fait j'ai un peu de mal à voir où tu veux en venir avec ces chiffres... "tant que le système sanitaire tient, la situation reste sous contrôle" c'est une tautologie, non ?

Edited by pehache

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Il y a 3 heures, pehache a dit :

Ben en fait j'ai un peu de mal à voir où tu veux en venir avec ces chiffres... "tant que le système sanitaire tient, la situation reste sous contrôle" c'est une tautologie, non ?

Pas du tout, non. Prends le cas d'Ebola par exemple. Même avec un système sanitaire qui tient, la mortalité reste très élevée.

C'est bien là le problème de cette épidémie-ci, c'est que la mortalité au Hubei (1310 décès, hier sur 48206 cas, soit 2,72%) masque les chiffres des autres provinces et du reste du monde qui eux, sont bien inférieurs à cela.

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La mortalité d'Ebola est élevée, mais comme le virus n'est pas très contagieux les épidémies sont faciles à endiguer (dans un pays développé Ebola n'est pas plus une menace que le Choléra). Ce qui fait que le système sanitaire va "tenir" ou pas c'est la capacité à contenir l'épidémie et donc la facilité ou pas de transmission du virus. Avec le coronavirus j'ai l'impression qu'on est dans une zone orange, il faut prendre des mesures drastiques pour contenir l'épidémie.

Les chiffres de mortalité ailleurs que le Hubei ne sont pour moi pas très significatifs à ce stade.

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Avec le recul, je crois mieux comprendre la stratégie chinoise : isolement total des populations, interdiction des contacts, et on attends quinze jours pour que les personnes non infectées soient parfaitement sûres. Arrêt des nouveaux cas = arrêt de la propagation du virus.

La stratégie échoue dans le cas du paquebot Diamond Princess : le confinement des passagers n'a fait qu'augmenter les nombres de cas.

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il y a 59 minutes, pim a dit :

Avec le recul, je crois mieux comprendre la stratégie chinoise : isolement total des populations, interdiction des contacts, et on attends quinze jours pour que les personnes non infectées soient parfaitement sûres. Arrêt des nouveaux cas = arrêt de la propagation du virus.

La stratégie échoue dans le cas du paquebot Diamond Princess : le confinement des passagers n'a fait qu'augmenter les nombres de cas.

Oui, encore qu'il n'y a aucune autre méthode et donc qu'ils n'ont pas trop le choix. Ceci dit, il faut reconnaître une certaine efficacité à la méthode.

Logiquement, la progression d'une telle épidémie est exponentielle. Imaginons qu'un patient en infecte 2, à la 10ème générations, il y a donc 1023 ... cas.

Or ici, grâce à toutes ces mesures, il y a bien une progression mais elle n'est "que" géométrique soit en x^2. A la 10ème génération, il n'y a donc que 100 cas.

J'ai fait une simulation pour mieux se rendre compte des choses. En bleu, la courbe réelle et en orange une exponentielle. Je précise que l'exponentielle, je l'ai obtenue par essai/erreur jusqu'à ce qu'elle "singe" au mieux le comportement des premiers jours. Par contre, la ligne en pointillé bleu (ainsi que l'équation et le R^2) sont bien calculées par Excel (trendline).

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Aujourd'hui, ce à quoi il faut être attentif, c'est la situation au Japon mais surtout à Singapour. Le 14, il y 58 cas et deux jours plus tard, il y en a déjà 72.

Si dans les autres provinces, la mortalité croit très légèrement (ce qui est logique), elle ne décolle heureusement pas avec toujours "seulement" 74 morts hors Hubei (toutes les autres provinces + tous les autres pays touchés) alors que dans le même temps, il y a déjà (hors du Hubei toujours) 4234 patients guéris.

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J'ai ajouté les éléments suivants :
1) la série des cas sévères, qui eux ne font que croître. Malheureusement, je n'ai cette information que pour la Chine et encore dans son ensemble. Je ne peux donc pas discriminer dans et hors Hubei.
2) J'ai ajouté un graphique avec les cas en traitement (autrement dit, le total moins les décès et les guéris). Comme on peut le voir, il y a un reflux hors du Hubei. Par contre, à l'international (en vert pointillé) les chiffres augmentent.

Edited by Sethenès

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Le nombre de cas dans l'asie du sud-est est en augmentation (Singapour, Japon, Thailande et Corée du Sud) mais à part cela, les tendances se maintiennent.

Les cas sévères croissent toujours, sans qu'on ait plus d'informations.

Hors Hubei, le nombre de guérison continue de croître avec déjà 4 patients sur 10 guéris. Si la tendance se maintient, il n'est pas impossible que dès demain, le nombre de guérisons / jour dépasse le nombre de nouveaux cas / jour (je parle ici de l'ensemble de la Chine, Hubei inclue).

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Pour l'instant, une seule courbe est en décroissance, sur treize courbes. Donc on n'en est pas encore sorti. Mais je persiste à penser que la Chine a pris les bonnes mesures, en gros ils ont emprisonné chez eux des dizaines de millions de personne pour en sauver des milliers, et ce malgré leur réponse très lente — presque deux mois ! — au début de l'épidémie.

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Quelques remarques (comme d'hab) :
- La situation en Iran a de quoi interpeller puisqu'hier on y a déploré deux décès alors qu'aucun cas préalable n'avait été détecté. Ces deux personnes n'avaient pas été en Chine, ni n'avait eu de contact avec des chinois. Depuis ce matin, on dénombre 3 autres personnes infectées. Mais tout laisse évidemment penser qu'il y en a bien plus. Lien ici
https://apnews.com/2b8f437c6a5cd6c556e5e97f7be8254a .C'est un peu le scénario qui était redouté en Afrique (épidémie qui se propage silencieusement sans que les autorités n'en soient informées).
- Le nombre de cas croit lentement, mais sûrement dans de nombreux pays en Asie de l'est : Corée (35 > 104 patients détectés en 2 jours), Japon (94), Singapour (84), Hong Kong (67, mais intégré à la Chine dans "mes" graphiques).
- Je pense qu'il faut petit à petit détourner les yeux de la Chine (tout en gardant un oeil sur la fourchette de décès entre les provinces les moins touchées et les autres) pour se concentrer sur les autres foyers.

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Les chinois, grâce à leur réaction énergique nous ont donné 3 bonnes semaines de répit (rappel, début de la quarantaine le 23 janvier), ce qui devrait avoir permis de glaner pas mal d'informations sur ce qu'il faut et - surtout - sur ce qu'il ne faut pas faire.

A ce stade, je ne vois pas trop comment la propagation peut encore être enrayée. Tout au plus pourra-t-on peut être encore la différer et gagner quelques semaines très utiles. Mais il y a quand même des signes encourageants.

Il y a 20 jours, il y avait 6000 cas recensés hors Hubei, hier, il y en avait à peine le double avec un ratio de décès largement inférieur à 1% (0,74%) en très légère augmentation (0,70% il y a 3 jours) et un ratio de guérison qui augmente sans cesse avec près de 53% hier toujours (49% avant hier, 44% la veille, 40% et 37% le 17/02).

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On ne peut exclure la possibilité d’une quarantaine, comme subissent actuellement dix villes d’Italie, en raison du coronavirus. Et ceci même si pour l’instant il ne reste plus qu’un seul cas hospitalisé en France.

Ce n’est pas le coronavirus qui me fait peur personnellement désormais, mais bien la réaction des gens. En cas de menace de pénurie, ils se mettent à stocker du sucre, de la farine, du savon et assez étrangement... du PQ ! Et du coup il n’y a plus rien dans les rayons des magasins, tel que vu à Hongkong il y a quelques jours, ce n’est pas réellement une pénurie mais le résultat d’une psychose collective (il y a même un film sur ce phénomène, qui s’appelle « Le sucre » je crois). Personnellement, comme je ne veux pas être « emm***** » par ce problème si vous me pardonnez l’expression, donc j’ai anticipé pour le PQ, j'en ai pour 1 mois ! Et c'est dingue ce que l'on peut consommer en nombre de rouleaux ! 😅

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il y a 12 minutes, Sethenès a dit :

Qu'un seul mois ? Petit joueur !

+1
Moi j’ai de quoi tenir au moins 5 mois en PQ, si ce n’est plus !

Chez moi une semaine = environ 1 rouleau. 😆

Edited by LolYangccool

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A paraître ce mois, dans les cahier de la sociologie du Geek : "Le geek et le PQ". Tome 1 : premiers chiffres et première analyse.

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Oui plus de PQ à Singapour. Les gens ont paniqué depuis que le gouvernement a augmenté le niveau d’alerte à Orange. 
 

Je n’ai jamais vu ça. Moi qui trouve ce pays vraiment en avance, je suis tombé de haut! Heureusement j’étais en déplacement aux States et j’ai ramené du PQ, haha. D’ailleurs il est très confortable. 

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Quand je dis 1 mois, c'est que je n'arrive pas du tout à évaluer ma consommation de ce truc. J'en ai 12 rouleaux, donc d'après ce qu'indique LolYangccool, je devrais en avoir pour douze semaines, donc un peu moins de 3 mois. J'aimerais ne pas avoir à l'utiliser recto-verso si c'était possible ! Ah ah.

En attendant, par rapport à tout à l'heure, l'Italie vient de passer de 20 cas à 130 cas. Oulà, ça augmente un peu vite, là ! 😨

Et je viens de voir qu'ils doutent maintenant qu'une période de quarantaine de 14 jours soit suffisante. En effet, ils ont trouvé une personne qui aurait développé la maladie 27 jours après sa contamination ! Et ils suspectent en plus que la personne encore sans symptômes peut en contaminer d'autres. Si ces mauvaises nouvelles se confirment, il va falloir assez rapidement changer l'échelle sur les graphiques de @Sethenès ! Je propose une échelle en puissance de dix, ça sera plus adapté ! ☠️

@gigatoaster :

À part le PQ, il y a d'autres choses que tu ne pouvais plus trouver ?

Edited by pim

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Il faut raison garder, c'est le plus important car il n'y a pas de raison de paniquer.

Mes graphiques ont 3 semaines aujourd'hui et le taux de mortalité hors Hubei est de 0,76%. Il croit mais très très lentement (et c'est évidemment logique).

Quand à cette histoire de 27 jours, dans une ville où il y a 60000 cas identifiés (plus les autres), j'aimerais bien savoir qui peut garantir que cet homme âgé n'a pas croisé un et un seul autre malade en 27 jours !

Pour l'Italie, c'est symptomatique du problème lorsqu'il n'est pas découvert. Des contaminations ont lieu sans précautions, les jours passent et soudain, il y a des cas sévère et là on pense à faire le test (je veux dire de personnes qui n'ont aucun lien apparent avec la Chine) et il se révèle positif. Pour info, hier, il y avait déjà 79 cas détectés (c'est encore un peu compliqué puisqu'il y a plusieurs sources mais l'une d'entre elle faisait état de 79 cas hier soir). Ceci dit avec 2 décès et 132 cas, on a à peu près des chiffres qui se tiennent. On est loin de l'Iran qui annonce 8 décès pour 43 cas ... gageons qu'il y en a bien 10x plus dans ce pays.

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il y a une heure, LolYangccool a dit :

@pim Je ne vais pas souvent au toilette, sans rentrer dans le détail, donc ma consommation est peut-être plus faible.

Tu n’es pas un panda ? Il paraît que le panda fait popo quarante fois par jour. Mâcher du bambou toute la journée, ça doit donner la courante !

Moins drôle, c’est maintenant 3 morts en Italie et plus 2. Forcément avec un bilan qui n’arrête pas de changer et qui ne fait que s’aggraver, y’a de quoi flipper. En même temps ils ne citent pas les guérissons et encore moins les résurrections (y’a un copyright sur la résurrection, faut avoir l’autorisation du Pape au minimum).

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Oui mais regarde l'état de santé de la 3ème personne décédée. Elle était en oncologie dans un état déjà très sérieux (en gros un cancer en phase terminale).

J'imagine qu'elle aura fait une surinfection pulmonaire inhabituelle et qu'ils auront testé. Sur le chat de FranceInfo, je lisais ceci :"Dans La Stampa (quotidien italien), Walter Ricciardi, membre italien du bureau de l'OMS, explique que l'Italie s'est lourdement trompée en suspendant tous les vols directs en provenance de Chine, décision qui n'a aucune base scientifique. Au contraire, cette mesure a empêché de "tracer" ceux qui sont rentrés, et qui depuis janvier ont infecté des dizaines de proches. Et c'est pour ça que le pays se retrouve aujourd'hui dans une situation très compliquée et très... évolutive.".

Il est clair que ce problème doit être traité avec sérieux. Alors, personnellement, je ne critique pas les japonais pour leur traitement du Princess Diamond. Evidemment, maintenant on sait que c'était une erreur mais au moment même, je trouvais cela une bonne idée. Quand j'ai entendu que le Cambodge avait laissé débarquer tous les passagers du Westerdam, je me suis dit : "quelle connerie !" et ... ils avaient "raison".

Ici, dans le cas de l'Italie, ils ont pensé bien faire et ... c'était une erreur. Le scientifique parle de cas possiblement infecté dès janvier, ce qui expliquerait pourquoi on en découvre subitement autant. L'infection s'est propagée silencieusement et soudain on découvre un premier cas, on teste tout autour et on se rend compte qu'il y en a beaucoup. C'est exactement la même chose qu'à Wuhan en fait. Cela commence quelque part entre début et mi-décembre et l'alerte est donnée par le fameux ophtalmo le 30 décembre qui soudain voit une explosion des cas.

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